Em cromossomo metafásico, existem 3 estruturas principais.
- Centrômero (Constricção primária);
- Constricção secundária;
- Telômeros.
Os centrômeros são regiões altamente repetidas de DNA, geralmente não codificante, ou seja, não apresentam informação genética que será traduzida em proteínas. É uma região de extrema importância para a divisão celular, pois essa região possui mecanismos de interação com as fibras do fuso que irã puxar as cromátides.
A constricção secundária é uma região de alta atividade gênica, onde os genes são transcritos constantemente. Nessa região é que existe os genes que codificarão a maioria dos RNAs importantes no processo de transcrição de proteínas.
Os telômero são regiões de extrema importância para o cromossomo. Essa região apresenta altas repetições de DNAs não codificantes que servem para proteção das extremidades do DNA, evitando a degradação deles nos processos celulares.